Hola apb,
supongo que habrás creado las escenas en Overload mode: Partial en vez de Full.
Yo he probado y funciona.
La diferencia es que al generar la escena en modo Partial digamos que no memoriza los "attributes" (Component Positioning, Component Graphical attributes, Node Activation state, Component Hide / show state, Viewpoint) que tenía el Assembly en ese momento y cada vez que modifiques esos attributes en el assembly se actualizarán en la escena.
Sin embargo si creas la escena en modo Full eso no pasa. Aunque posteriormente puedes sincronizar manualmente esos attributes con Apply Scene on Assembly (de la escena al assembly) y con Apply Assembly on Scene (del assembly a la escena).
También puedes a partir del mecanismo que tienes, generar una simulación (icono que se llama Simulation en el módulo kinematics) con las posiciones que te interesen.
Un saludo