Hola el-kuhn
La única opción que se me ocurre si tener que hacerte una macro para ello, sería imprimirlos como PDF en vez de salvarlos como pdf.
Para imprimir lotes de planos de forma desantendida tenemos la utilidad PrintBach de las Utilities.
Para acceder a ella po puedes hacer desde el menú Tools->Utilities.
Luego veras un listado con opciones de porceso masivo en modo bach.
Busca la llamada PrintBach y activala.
Te aparecerá una nueva ventana donde podrás elegir como impresora una salida PDF (Deberás de tener previamente instalado un creador de pdf de impresión, como por ejemplo PDFCREATOR), luego escogerias tu lote de planos a procesar, las propiedares de impresión etc.
Asi podrías sacar todos los pdf de una sola vez.
Saludos