Por lo general todo el mundo recomienda trabajar con bodys positivos, y luego ya la operación que les aplicas lleva el signo incorporado: add, remove
pero vamos, que se puede trabajar con bodys negativos perfectamente, lo único que tienes que tener claro es estos signos. Un ejemplo típico es crear un body que contiene holes (los taladros a realizar a un body), que luego harás un assemble con el otro body que quieres agujerear. El comando hole contiene unas posibilidades enormes para realizar todo tipo de taladros, que nos haría perder mucho tiempo si quisiéramos hace esos mismos agujeros (con sus avellanados, rebajes...) en positivo y luego restarselos al otro body con remove
espero que te haya servido de ayuda. saludos