Que el sketch esté en verde no significa que no haya mas de un perfil dibujado o que esté abierto, o que... Solo significa que está bien definido desde el punto de vista de constraints: no tiene grados de libertad. Si haces un perfil abierto y lo acotas por completo, se pone verde, pero no puedes hacer un pad, salvo que sea dando espesor.
Por otro lado, efectivamente, un perfil es mas largo que otro. No tienen por que coincidir. El sólido generado solo lo será en la zona de interseccion de las extrusiones de ambos perfiles.
Insisto, mira a ver si tienes algún punto de mas o alguna linea auxiliar no como tal o si el perfil es cerrado o no.